Oui et non
Quand tu es en prépa intégrée, tu es déjà sur les rails, dans ton école pour les 5 ans à venir ; je n'ai pas connaissance de renvois après les premières années et quand je suis passée aux portes ouvertes, tout le monde me vantait la bonne ambiance, les soirées étudiantes, etc. Tu as un petit concours avant le bac, mais franchement, il est facile (en gros, c'est pour vérifier que tu as le niveau bac, vu que tu n'as pas encore les résultats officiels au moment des inscriptions dans les écoles). Ensuite, c'est tout bon, tu n'as plus qu'à être sérieuse à l'école et ça roule... C'est cher et tu dois choisir ta voie dès le bac, ce sont les deux inconvénients pour moi.
La prépa classique est beaucoup moins chère, mais ça pose d'autres problèmes. Personnellement, j'ai choisi cette voie parce que je voulais avoir encore le temps de changer d'avis : après mes deux ans de prépa, je pouvais être véto, géologue ou embrayer sans problème sur une formation en biologie. Les frais d'inscription étaient très raisonnables, mais j'ai dû trouver un logement sur place (toutes les prépa ne se valent pas et je voulais mettre toutes les chances de mon côté pour les concours, donc je n'ai pas choisi une prépa à côté de chez mes parents ; et comme j'ai des parents très sympas, ils ont payé mon loyer, c'était un caillou de moins dans ma chaussure), payer les livres et... m'accrocher. Comme je le disais auparavant, j'ai trouvé la prépa assez facile, je me suis plutôt amusée, mais c'est très loin d'être le cas de tout le monde. J'ai des copines qui ont démissionné en cours d'année parce que c'était trop dur et j'ai vu plusieurs filles fondre en larmes pendant les périodes de révision parce qu'elles n'en voyaient plus le bout ou ne comprenaient pas ce qu'elles lisaient. Au bout des deux ans, on a un concours. Il y a beaucoup d'écoles différentes (ENS, véto, agronomie, géologie...) donc pas mal de places pour tout le monde, mais ça reste un concours : sur environ 3000 inscrits, seuls 2000 passent les écrits avec succès et peuvent passer les oraux, et si tu veux une école d'agronomie un peu prestigieuse, tu devras être classée dans les 1500 premiers. Tu peux te planter, même en étant une bonne élève (des fois, le sujet est naze et tu ne sais pas quoi dire ; tu aurais peut-être eu 16 avec un autre, mais tu n'auras que 5 avec celui-ci...) et tu ne peux passer le concours que 2 fois avant d'être éliminée. Tu as le risque de te retrouver sans rien après tes 2 ans de prépa.
Après, tu n'es pas non plus toute nue car tu seras considérée bac+2 en bio et tu as des voies parallèles à attraper ; par exemple, j'avais demandé aux écoles avec prépa intégrée si je pouvais envisager de m'inscrire chez eux après 2 ans de prépa normale, et ils m'avaient dit que oui à l'époque. Je suppose que la décision aurait été prise sur dossier + entretien, mais comme je n'ai pas eu besoin de le faire, je n'en suis pas sûre.
Bref, je ne dirais pas que l'une est plus avantageuse que l'autre, ça dépend de tes moyens de financement, de ta motivation et de tes moyens scolaires...