Génotypage et sélection génomique

Le génotypage dont vous entendez fréquemment parler en élevage équin , c'est le "tout bête " test de filiation .
Après , en élevage de chevaux de couleurs , on fait dorénavant tester les gènes produisant telle ou telle robe , ainsi que dans certaines races ou certains cas , les gènes en rapport avec l'apparition de maladies ou tares .

En ce qui concerne la prédiction de performances , le seul test actuellement disponible à ma connaissance est un test d'aptitude au trot de course , assez peu utilisé d'ailleurs .

Pour mon avis personnel , j'espère que la génomique du cheval ne se répandra pas comme dans les autres espèces , ce serait la fin de la spécificité de l'élevage (cheval n'est pas un animal de rente comme les autres c'est évident ) , çà ne me fait clairement pas rêver , mais comme pour toutes les hautes technologies de reproduction j'ai bien peur qu'on y vienne , affaire de gros sous et de bizness oblige ...

anemone47 Merci pour votre réponse

En ce qui concerne la sélection génomique, je ne pense pas non qu'elle se répandra autant que pour les autres espèces, dans le sens où l'intérêt est limité pour les chevaux de loisir.

Par contre, je ne pense pas que ces technologies auraient un réel impact sur la façon d'élever les chevaux. A mon avis ca aiderait surtout l'éleveur à décider si il garde le poulain, le destine à une carrière sportive ou bien "loisir+". De toute façon, la génétique ne fait pas tout mais le mental compte aussi beaucoup pour les chevaux (bien plus que pour les animaux de rente).

Je me posais juste la question car je travaille dans le domaine et je me demandais ce qu'il en était pour nos chers équidés

Par contre, j'ai regardé un peu les prix et il me semble que les labos s'en mettent vraiment plein les poches avec ces histoires de génotypage

Je suis pas certaine qu'on puisse affirmer qu'à l'heure actuelle la sélection génomique est ultra répendue en élevage.

Moi je le vois (voyais) au quotidien dans un élevage laitier, ben la génomique, personne sait ce que c'est... on sélectionne sur index les taureaux oui mais pas les femelles, même quand le troupeau était en race pure (maintenant c'est du croisé, la question se pose même pas).
Et de la même façon, les puces ne sont disponibles que pour quelques races bovines, donc ok, cela représente la majorité des élevages, mais pas l'intégralité




Pour les chevaux, le plus répandu en effet c'est le "test de filiation". Et depuis quelques temps maintenant on voit se développer une offre sur les tests liés aux robes (crème, gris, formes de pie, dun, ....) et sur les maladies transmissibles aux descendants (panel 5 aux US).

kiiwii En fait, la génomique permet surtout de prédire des caractères qui ne peuvent pas être mesurés/observés directement sur l'animal. Soit parce qu'il est trop jeune, ou qu'il n'est pas du bon sexe (comme en élevage bovin).
Par exemple, la qualité de la mamelle ou du lait pour les bovin laitiers: ca peut paraître surprenant mais les taureaux possèdent des gènes qui contrôlent ces caractères mais bien sûr, ils ne s'expriment pas. Du coup au lieu de juger ces traits sur ses filles, on va les prédire et savoir peu après sa naissance si ce sera un bon reproducteur.
La valeur de l'index pour un caractère correspond en gros à la moyenne des individus pour ce trait. Un individu avec un index positif pour la morphologie aura donc une meilleure morphologie que la moyenne des individus mesurés.

Pour les femelles, ca commence mais c'est moins "utile" et encore cher (car peu de données), de même pour les races moins répandues. Mais les coûts techniques de génotypage baissent de façon quasi-exponentielle depuis les année 90.

Je pense que dans 5 à 10 ans maximum cet outil sera accessible pour les principales races de chevaux de sport. En tout cas, les chercheurs y travaillent...

obsonine je sais bien ce qu'est la génomique, cela fait partie de mon métier

mais autant on l'utilise beaucoup pour sélectionner les taureaux en centre d'insémination, autant je n'irai jamais conseiller à un éleveur de payer le prix fort pour génotyper toutes ses femelles....

Je pense que ca ne fait pas de mal d'expliquer vite-fait le principe pour ceux qui ne connaissent effectivement pas




Alors là je te rejoins totalement ! Ca n'a pas grand intérêt de génotyper les femelles pour l'instant (vu le prix)
En fait, l'idée c'est surtout que ca prend environ 5 ans pour évaluer la valeur d'un taureau par le système "traditionnel" de testage. Ce qui revient à environ 50 000$, contre 200 à 300$ pour la sélection génomique, sachant que (il me semble) que ces organismes sont en grande partie financés par les éleveurs.
Donc là oui, l'avantage est net !
Pour les femelles, beaucoup moins dans le sens où déjà l'éleveur à l'animal sous les yeux et peux déjà se faire lui même une idée de sa qualité. De plus, une femelle de qualité modeste va tout de même produire et avoir un intérêt.

Toujours est il que, pour voir les choses de l'intérieur, je peux affirmer que les technologies de génotypage progressent très très vite et que le coût est amené à baisser encore considérablement à moyen terme.

obsonine Oui à moyen terme on va diminuer le coût des puces et augmenter leur capacité ! Donc ça ne reviendra plus si cher, mais ça ne sera pas gratuit non plus pour les éleveurs ! Tout se calcule.

Quant à la sélection sur descendance traditionnelle, oui elle coûte horriblement cher...


Après, moi dans ma logique personnelle, je me demande si le mec qui a un troupeau "lambda" a réellement besoin de mettre "LE" meilleur taureau testé sur 4 générations de filles etc, etc...
Au final, on se retrouve à utiliser toujours les mêmes courants de sang (y'a qu'à voir, Joko... 300 000 filles en France, plus d'1 million de doses produites, une aberration...).

La génomique ça permettrait peut être à terme de choisir un taureau sur des critères plus variés (aptitude à pâturer ? Résistance/rusticité ? Qualité des sabots ?)

kiiwii Je dirai que ca dépend des objectifs des éleveurs. Certains cherchent à avoir la meilleure production possible, alors que d'autres sont des passionnées de concours et sont à la recherche de la morphologie idéale. Dans un cas ou dans l'autre ils ne choisiront pas leurs taureaux selon les même critères.

C'est vrai qu'une des dérives de la sélection d'une manière générale (génomique ou pas), c'est que les gens ont tendance à vouloir "le meilleur du moment", ce qui n'est pas sans conséquences... On le voit aussi dans le domaine végétal où malgré le nombre de variétés inscrites, on retrouve toujours plus ou moins les mêmes dans les champs quelles que soient les espèces (je généralise un peu mais on en est pas loin !).

Par contre, pour reprendre l'exemple du cheval de sport, je pense justement que la sélection génomique pourrait également apporter de la diversité dans les reproducteurs. En effet, si pour une raison ou une autre un cheval n'a pas pu avoir une carrière sportive (en cas de blessure par exemple) et faire "ses preuves", il pourra toujours servir de reproducteur si on sait qu'il a de bonnes prédispositions génétiques.

Les puces ciblant l'ensemle du génome, on pourrait effectivement envisager à terme d'ajouter des caractères sans avoir à changer le puces. Pour cela, il "suffirait" de mesurer ces caractères sur quelques centaines d'individus déjà génotypés et d'ajuster les formules. Après, certains caractère sont plus héritables que d'autres et moins un caractère est héritable, plus il est difficile à prévoir.