Assainir cuve a eau

J ai 3m2 d eau sous forme de cubi recuperateurs d eau de pluie utilisés pour toute sorte de chose (travaux, arrosage de jardin ,lavage de voiture etc...) elles servaient aussi l hiver dernier comme boisson pour mes animaux. J ai installé au dessus des grillages fins pour eviter les feuilles et autres saletés qui pourraient couler du toit. Bref.
Cette année, entre le printemps et l été hyper secs, elles ont été rapidement vides et se sont remplis a peine ces dernières semaines mais l eau est inutilisable ! J ai meme peur d arroser mes plantes avec! Elle n est visuellement pas "sale" mais une odeur ...horrible (entre alcool et cadavre) et ce dans les 3 cuves!
Je m interroge...j ai lu des propriétaires qui mettaient une pastille de javel? d autres des produits a base d eau oxygénée? Il ne s agit pas d algues vertes, l eau est claire. Qu en est il de la toxicité pour les animaux? les plantes?
Bien evidemment personne ne boit de cette eau pour le moment (ni meme de douche telement ca pue)... j etais tentée de simplement vider et attendre les nouvelles pluies...mais l eau est rare et precieuse ces derniers temps!
Des idées conseils ou experience? Ca m ennuie de gaspiller toute cette eau