Difficile de répondre sans les photos, mais d'après tes dires, il semblerait que ta selle soit trop étroite (pommeau trop haut). L'atrophie des trapèzes (le creux derrière les épaules) montre effectivement un gros soucis. Pour une selle sur-mesure, c'est un peu dommage
Logiquement, le travail quotidien avec une selle adaptée sans points de pression permettra à ces muscles atrophiés de reprendre leur place.
Du coup ce serait cool d'avoir les photos (sans tapis, sanglé avec le cheval le plus au carré possible)