Si tu arrives à éliminer toute cause extérieure, genre poux et autres joyeusetés, je pencherais sur le "manque" de grattage intersocial avec un autre cheval.
Tu dis qu'elle a 3 ans, c'est son 1er hiver en box ? Elle a grandi au pré en groupe ou pas ?
Perso, j'ai eu mon cheval en box, mais box avec murs assez bas pour que les chevaux se grooment les uns les autres. Puis je l'ai passé dans une pension box/paddock individuel. Les boxes étaient avec grilles, donc pas de contact physique possible. Et là, j'ai remarqué que mon cheval était beaucoup + quémandeur de gratouilles : une fois j'ai ouvert son box et il m'a présenté sa croupe, en se tenant de telle sorte que j'ai compris le message et sorti l'étrille et j'ai gratté pendant 10 mn

. Là, depuis qu'il est au pré, ben, il s'arrange avec ses copains.
Ca peut-être une piste, si tu ne trouves pas d'autres causes...