Je ne suis pas sûre de comprendre toute la démarche... Pourquoi prendre des couvertures imperméables si ton cheval est en intérieur sans courant d'air ?
Sinon, pour la forme de la tonte, à l'époque où ma jument vivait en box la nuit, on la tondait comme ça (photo trouvée sur CA) :

Et du coup, on ne couvrait pas du tout. Tu peux t'en inspirer et ne pas tondre le dessous de l'encolure (même si, à mon avis, c'est étrange parce que c'est aussi la zone qui transpire le plus).
Mais effectivement, peut-être qu'une bonne séchante sera suffisante dans ton cas.