Je suis aussi en train de réserver un poulain in-utero, j'ai soulevé aussi ces problèmes.
Tu peux très bien rajouter des clauses dans le contrat avec l'accord de l'éleveuse. Par exemple, en cas de problèmes de santé grave du poulain avant son sevrage, avortement, malformation == annulation de la vente, acompte rendu ou report l'année suivante. Tout dépend aussi de tes objectifs avec ce poulain. Un poulain c'est un coup de poker, in utero et sans possibilité de choisir un autre poulain, tu peux être déçue.
Personnellement, j'ai choisi un sexe obligatoire et il y a plusieurs juments pleines (dont des juments demi-soeur et c'est surtout l'étalon qui m'intéresse), donc un peu de "choix" et je vais demander à rajouter des clauses qui me semblent importantes pour la future vie de mon poulain (tout à ma charge bien entendu), parce que je souhaite en faire un reproducteur.
Comme le dit Auror9, si le poulain ne te plait pas, que ce n'est pas le sexe que tu voulais et que tu as déjà versé l'acompte, tu l'as dans le baba. Imagine le poulain prend plus de la mère que du père ou inversement et qu'il ne te plait plus à 4 mois. Sois prête à ce genre de possibilités.
Vu le peu de contrat in-utero qui sont faits (à part les grands élevages, et encore !), tu peux aussi tout simplement attendre la naissance du poulain pour te décider : généralement le poulain est un poil plus cher mais au moins, pas de regrets. Tu t'engages sur environs 20 ans quand même, je pense qu'il ne faut pas être à quelques centaines ou milliers d'euros près.