Dois-je les séparer tous les mois au moment où elle est en chaleur?
Là, vous tenez la solution la plus improbable qui soit. Vous savez que les chaleurs d'une jument, ce n'est pas cyclé comme l'ovulation d'une femme ?
C'est séparation définitive. Trouvez un autre pré, cela évitera les complications d'une gestation aussi jeune et celle d'une castration aussi tardive (et au passage, un copain pour l'entier et un -non testiculé- pour la pouliche. A cet âge, faut un adulte référent qui poursuive l'éducation donnée par maman).