Ton cheval est-il en ordre ostéo? Si tout problème de ce côté là est écarté, c'est déjà ça...

Peut-être essayer de changer de mors? De selle?
Tu es encadrée pour le travailler? Il fait ça avec tout le monde? En liberté aussi?
J'espère que ça passera avec le temps, si ce n'est pas le cas, tu peux toujours te renseigner sur le "headshaking" (je sais que sur le forum 1cheval.com il y a un sujet très intéressant là-dessus, avec plusieurs types de solution).
Ce n'est pas des plus réjouissants et je ne dis pas (loin de là) que ton cheval en est atteint, mais ça peut-être intéressant de se pencher dessus...(ne fusse que pour la culture générale

)