Bonjour ! Merci pour toutes vos réponses ! :) Elles sont toutes constructives et me donnent des pistes.
Des news d'aujourd'hui: coup de chance, un véto passait aujourd'hui à l'écurie ! J'en ai donc profité pour faire voir ses oreilles (même véto que celui de son vaccin, qui ne m'a pas aidé du tout la dernière fois, hum hum...).
Bref elle l'a sédaté. Même complètement amorphe il essayait de se dégager quand elle s'approchait de l'oreille droite, mais il ne bougeait plus une fois sa main dessus. Elle a regardé et lui a tout bien nettoyé. En gros, ce n'est pas une mycose ni des champignons (déjà, un truc d'éliminé). En gros elle a juste conclu à des démangeaisons sûrement dues aux insectes

C'est un peu vague tout ça. Au moins elle a pu appuyer partout à la base des oreilles et sur la nuque, il n'a rien dit, il aurait bougé si il avait eu mal. Elle m'a prescrit une crème pour cicatriser sa peau croûteuse à l'intérieur.
Je lui ai parlé de la gale des oreilles... bon bah elle est pas du tout convaincu, j'ai l'impression qu'elle n'en a jamais entendu parler. J'ai insisté pour avoir une analyse, les résultats arriveront fin de semaine prochaine.
Elle m'a conseillé de lui mettre un fly mask ...
Sinon comme je suis très intelligente, j'ai attendu qu'il soit bien réveillé pour penser à essayer un masque ! Eh ben contre toute attente, à deux et avec des bonbons, on a réussi !
Voilà, un compte rendu véto un peu flou, mais on avance petit à petit, on élimine des possibilités. :)
Edit: Je récapitule, ça pourrait être:
-une gale des oreilles
-une compression du nerf derrière les oreilles
-des démangeaisons tout simplement
-un problème ostéo au niveau de la nuque, éventuellement, mais je ne pense pas.
-un vieux traumatisme qui provoque cette peur