Ce n'est absolument pas étrange, c'est de la mécanique rien de plus...
Je ne sais pas dans quelle(s) transition(s) ton cheval a tendance à s'ouvrir, mais globalement toutes les transitions nécessitent un abaissement des hanches et un report sur les hanches (c'est flagrant surtout dans les départ au galop). Ainsi, pour changer d'allure le cheval qui est pas mis dans un équilibre adéquat pour la transition va relever son encolure pour pouvoir mieux reporter son poids sur les hanches et dégager du coup son avant main et faire sa transition car l'encolure a rôle de balancier.
Si ton cheval lève la tête c'est qu'il manque de travail, d'équilibre et de force musculaire, c'est à toi de le mettre dans les bonnes conditions pour faire ta transition, parce que oui sinon le cheval va se démerder tout seul pour se mettre dans le bon équilibre, soit lever la tête.
Ca peut venir aussi d'un soucis de dos, à vérifier aussi si ça persiste malgré tout