On doit se signaler sur la route, par tout moyen : donc la personne qui fermait la marche de votre troupeau l'a bien signalé (le drapeau est un moyen comme un autre mais pas le seul). Trop limitatif le gendarme. Compte tenu de l'encadrement et de la signalisation de votre troupeau, l'automobiliste était en tort, et y'a de la jurisprudence sur le sujet.
http://www.cdte85.fr/les-regles-de-circulation/
Section 7 : Circulation des animaux isolés ou en groupe.
Article R412-44
Tout animal isolé ou en groupe doit avoir un conducteur.
Le fait de contrevenir aux dispositions du présent article est puni de l'amende prévue pour les
contraventions de la deuxième classe.
Article R412-45
En marche normale, tout conducteur doit maintenir ses animaux près du bord droit de la chaussée,
autant que le lui permet l'état ou le profil de celle-ci.
Le fait de contrevenir aux dispositions du présent article est puni de l'amende prévue pour les
contraventions de la deuxième classe.
Article R412-46
La conduite d'animaux isolés ou en groupe circulant sur une route doit être assurée de telle manière
que ceux-ci ne constituent pas une entrave pour la circulation publique et que leur croisement ou
dépassement puisse s'effectuer dans des conditions satisfaisantes.
Le fait de contrevenir aux dispositions du présent article est puni de l'amende prévue pour les
contraventions de la deuxième classe.
Article R412-47
Tout conducteur qui s'apprête à apporter un changement dans la direction de ses animaux, ou à en
ralentir l'allure, doit avertir de son intention les autres usagers, notamment lorsqu'il va se porter à
gauche, traverser la chaussée, ou lorsque, après un arrêt ou stationnement, il veut reprendre sa placedans le courant de la circulation.