J'ai la même chose avec ma jument (les deux extrémités sont compliquées avec elle : les oreilles et le couard, youpi!).
Moi j'utilise la méthode approche-retrait. J'approche ma main de ses oreilles, et avant qu'elle ne se casse pour éviter le contact je retire ma main. En sachant que je n'insiste pas, elle est moins dans la fuite et petit à petit ça passe mieux.
Je profite qu'elle soit occupée pour faire ça. Exemple, quand elle a le nez dans le foin, c'est pratique, en plus elle est à la bonne hauteur.
J'ai passé 10 minutes hier soir à lui faire un massage de la base des oreilles, et elle avait l'air d'apprécier, du coup j'ai pu toucher les oreilles sans que ça la dérange.
Autre chose aussi : je fais attention quand je lui mets son filet de ne pas avoir de mouvements désagréables pour elle au niveau des oreilles. Pour passer la têtière, je prends l'oreille à la base pour la faire passer dessous.