Je pars du principe que rien n'existe sans raison. Ce peut être un reste de l'antique cheval qui n'existe plus (comme la châtaigne), mais tout a une utilité.
Il est fort possible que nos chevaux actuels ont peut-être moins besoin de certains attributs qu'ils avaient auparavant, de par la vie sédentaire qu'ils ont.
Pour moi, la crinière sert en effet de protection pour le cheval : gouttière pour la pluie, pour les insectes en été, pour garder de la chaleur en hiver (l'encolure est peut-être une zone plus sensible que le ventre ou le dos, par exemple).
En tout cas, c'est naturellement là, donc ça a forcément une fonction.
(Oui, tout à une fonction : notre petit orteil sert à se taper contre la baignoire, notamment
)