Coefficient de consanguinité connemara

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Kikoutoc

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Coefficient de consanguinité connemara
Posté le 28/07/2021 à 11h06
Bonjour à tous,

Je regardais ce matin le pédigrée d'une pouliche connemara et en faisant une simulation de croisement de ses parents sur l'IFCE, j'obtiens un pourcentage de consanguinité de 6,25 % (!!), ça me parait énorme !

Seulement, sur la généalogie de la pouliche apparait un seul arrière grand parent commun, Valmy de Coiselet (qui est donc le père de mère des deux parents de la pouliche).

Cliquez pour voir l'image   

Or, quand je regarde un peu les articles d'Equipédia sur la consanguinité, avec un arrière grand parent commun, je devrais obtenir un coefficient de consanguinité de 3,25 %

Cliquez pour voir l'image   

Bon, il y a certes d'autres ancêtres commun un peu plus loin dans sa généalogie, mais pas de là à augmenter le pourcentage à 6,25 % !

Du coup je me demande, est ce que c'est moi qui ai raté ou mal compris quelque chose ?

Sans vouloir rentrer dans les détails ni m'avancer de trop, ce n'est pour l'instant qu'une vague idée qui m'effleure à peine, mais la pouliche pourrait être amenée à reproduire plus tard, donc est ce que cela serait gênant ou non ?

Je vous remercie d'avance pour vos éclairages :)

Bonne journée,

Kiiwii

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Coefficient de consanguinité connemara
Posté le 28/07/2021 à 14h09
tam89 oui enfin l'inbreeding c'est bien gentil mais vu les conséquences que peut engendrer un taux de consanguinité très haut, pour moi c'est vraiment à manipuler avec parcimonie et précaution...


Tam89

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Posté le 28/07/2021 à 14h25
kiiwii

Je ne dis pas qu'il faut le faire à tout va, je dis juste que ce n'est pas rare, et que du coup ça m'interpelle qu'on on trouve que 6% de consanguinité c'est haut, parce que dans le chien ce genre de taux c'est hyper courant.


Sudest1

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Posté le 28/07/2021 à 14h28
Bien vérifier si les deux chevaux que vous voulez faire se reproduire soient négatifs PSSM1 et le HWSD (hoof wall separation disease), surtout sur des chevaux consanguins (vu que ce sont toutes les deux des maladies génétiques présentes en connemara)


Unecavaliere

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Posté le 28/07/2021 à 14h38
kikoutoc théoriquement, elle a plus de risques d’avoir elle même des tares que de les transmettre (si on fait un croisement « outcross »)


Obsonine

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Posté le 28/07/2021 à 15h26

kiiwii a écrit le 28/07/2021 à 11h46:
@kikoutoc Effectivement, le taux de consanguinité ne se "transmet" pas, dans le sens où deux parents à 5% de consanguinité ne font pas un poulain à 5% ou à 10%. Si les deux parents (à 5% chacun) n'ont aucun ancêtre commun, le poulain sera à 0% de consanguinité lui.


Alors, non pas tout à fait. Ça dépend à quelle génération il faut remonter pour retrouver l'ancêtre commun. Si l'ancêtre commun est très loin, il peut "sauter dans le calcul mais sinon, à partir du moment où un ancêtre est présent plusieurs fois dans le papier, il compte dans le calcul de consanguinité, même s'il n'est présent que chez un seul des parents.


Argamelle

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Posté le 28/07/2021 à 15h33
Ah ? moi je ne prenais en compte que la consanguinité de l'individu en lui même,
tu veux dire que si le père a un taux de 10% et la mère de 10% mais que les ancêtres entre les deux n'ont rien de commun, le poulain peut être avec un taux de 5% ? Je ne comprend pas pourquoi, vu qu'il aurait forcément un chromosome du père et de la mère, pour moi le taux passait à 0 ?


Obsonine

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Posté le 28/07/2021 à 15h45
argamelle
Ah oui, c'est vrai que les chevaux ne sont que diploïdes

Oups, pardon kiiwii


Argamelle

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Posté le 28/07/2021 à 15h49
obsonine Tu pensais à quelle espèce alors ?


Kiiwii

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Posté le 28/07/2021 à 15h53
obsonine ben oui pour le coup je ne te suis pas sur le raisonnement...
A l'échelle de l'individu "enfant" deux "parents" à fort taux de consanguinité mais sans ancêtres commun ça donne une absence de consanguinité.

Quand je vois les emmerdes qu'on a sur les vaches avec 4/5% de consanguinité, j'imagine même pas les ennuis qu'on peut avoir en dépassant les 10%....
Ancrer un type c'est bien mais le faire en "fragilisant" les individus ne le justifie peut être pas...


Obsonine

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Posté le 28/07/2021 à 15h57
argamelle Je travail sur du matériel végétal à minima tétraploïde : chaque parent transmettant plusieurs chromosomes, on prend en compte la consanguinité des parents dans nos calculs

Et j'ai l'impression que c'est ce qui a été fait ici, c'est pour ça qu'on se retrouve avec un taux de consanguinité aussi élevé


Argamelle

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Posté le 28/07/2021 à 16h01
Ah c'est pour ça, je me demandais si j'avais tout perdu en génétique... Ouf

Non mais là plusieurs ancêtres se retrouvent chez le père et la mère, c'est pour ça non le coefficient ?
Fort doolin est un ancêtre pour les deux parents, valmy aussi et island earl... Donc forcément ça augmente le taux


Argamelle

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Posté le 28/07/2021 à 16h06

kiiwii a écrit le 28/07/2021 à 15h53:

Quand je vois les emmerdes qu'on a sur les vaches avec 4/5% de consanguinité, j'imagine même pas les ennuis qu'on peut avoir en dépassant les 10%....


C'est très intéressant ! tu as des exemples concrets? Quand je vois le nombre de descendants de Jocko-Besné, je ne comprends pas que le taux de consanguinité pose tant de problème , j'avais l'impression que ce n'était pas si important si certains reproducteurs étaient si utilisés


Obsonine

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Posté le 28/07/2021 à 16h53
Si je refait le calcul, je trouve :

Pour Valmy de Coiselet (en rouge) : (1/2)^5 = 3.125%
Pour Fort Doolin (en jaune) : (1/2)^7 = 0.781%
Pour Island Earl (en bleu) : (1/2)^9 = 0.195%
Pour Carna Dun (en marron) : (1/2)^10 = 0.097%
Soit un total de 4,198%




J'ai du mal à comprendre comment le simulateur peut arriver à 6,25%

Mais j'ai peut être (encore) raté un truc


Dadou_love

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Posté le 28/07/2021 à 17h10
obsonine

Je me permet de sortir de mon sous-marin, mais d'après ton tableau, il semble que Island Earl soit également dans l'arbre généalogique du père du GP de la mère (père de mère du père du GP ) ainsi que dans la dernière case en bas du tableau...
Pour Carnadun, il y en a dans la GM maternelle et le GP maternel
Bref, il y a un peu partout des redondances dans l'arbre généalogique, ce qui fait monter la consanguinité (enfin je suppose)


Obsonine

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Posté le 28/07/2021 à 17h25
dadou_love Oui, c'est exact
En principe, dans un calcul de consanguinité, on ne fait qu'une seule chaîne par ancêtre commun et quand il apparaît plusieurs fois, on choisit la chaîne la plus courte.

Si tu comptes les multiples Island Earl et Carna Dun présents chez la mère, tu ajoutes justement sa propre consanguinité, ce qui ne s'applique (en principe) pas chez les diploïdes

Édité par obsonine le 28-07-2021 à 17h29

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